该酒厂财务人员申报增值税时存在下列问题：（1）运输途中因保管不善丢失3％的原材料进项税额不得抵扣。根据规定，非正常损失的购进货物及相关的劳务、服务，不得抵扣进项税额。
（2）职工食堂领用以前月份购进的已经抵扣进项税额的材料未作进项税额转出处理。根据规定，购进货物用于集体福利或个人消费的，进项税额不得抵扣，已经抵扣的，要作进项税额转出处理。
（3）销货支付的运费未作进项税额抵扣，支付运费取得增值税专用发票，可以按照取得的增值税专用发票上注明的增值税税额进行抵扣。
（4）分期收款方式销售货物不应按照销售额全额计算销项税额。根据规定，以分期收款方式销售货物的，增值税的纳税义务发生时间为书面合同约定的收款日期的当天；无书面合同的或者书面合同没有约定收款日期的，为货物发出的当天。
（5）销售果酒取得的优质费未作为价外费用计算缴纳增值税。根据规定，优质费属于价外费用，应当价税分离后并入销售额计征增值税。
综上所述：
（1）该酒厂准予从销项税额中抵扣的进项税额=13.6×（1-3％）+1.7+0.06-5×17％+0.33=14.43（万元）
（2）当期销项税额=200×60％×17％+15×17％+3.51÷（1+17％）×17％=23.46（万元）
（3）当期应纳增值税=23.46-14.43=9.03（万元）。