（1）黄某建议陈某买入本*公司股票的行为违法，属于内幕交易行为。根据规定，证券交易内幕信息的知情人员和非法获取内幕信息的人，在内幕信息公开前，不得买卖该公司的证券，或者泄露该信息，或者建议他人买卖该证券。在本题中，W合作项目是A公司的重大投资行为，属于内幕信息，黄某作为内幕信息的知情人员建议他人买人股份的行为违法。
（2）黄某将其持有的A公司股票全部售出的行为违法。根据规定，公司董事、监事、高级管理人员在任职期间每年转让的股份不得超过其所持有本*公司股份总数的25％。在本题中，黄某作为A公司的董事长将其持有的A公司股票“全部”售出的行为违法。
（3）抵押合同中有关“若A公司到期不能偿还借款，该生产设备归B银行所有”的约定无效。根据规定，订立抵押合同时，抵押权人和抵押人不得约定在债务履行期限届满抵押权人未受清偿时，抵押物的所有权直接归债权人所有；但该条款的无效不影响抵押合同其他条款的效力。
（4）向原股东配售5000万元的数额违法。根据规定，上市公司向原股东配股的，拟配售股份的数量不超过本次配售股份前股本总额的30％。在本题中，拟配售5000万元超过了配售股份前股本总额1亿元的30％。
（5）股东大会通过配股方案的决议违法。根据规定，上市公司配股属于增资事项，应当经出席股东大会的股东所持表决权2／3以上通过。在本题中，A公司股东大会赞成该事项的表决权仅为出席会议的股东所持表决权的62％（31％÷50％）。
（6）股东大会通过购买重要生产设备的决议违法。根据规定，上市公司一年内出售、购买重大资产，或者对外提供担保金额超过资产总额30％的，应当经出席股东大会的股东所持表决权2／3以上通过。在本题中，该重要生产设备投资额7000万元，已经超过资产总额2亿元的30％，而A公司股东大会赞成该事项的表决权仅占出席会议的股东所持表决权的30％（15％÷50％）。