问答题X 纠错
原理:
①几乎所有的真核基因mRNA分子的3´-末端都有一段poly(A)尾巴。因此,在RNA聚合酶作用下,可按mRNA为模板,以oligo(dT)为引物合成出cDNA拷贝;
②根据mRNA分子3´-端序列结构分析,在这段poly(A)序列起点碱基之前的两个碱基,除了倒二位的碱基为A的情况之外,只能有12种可能的排列组合;
③根据上述mRNA分子结构特征设计的,用以反转录mRNA合成第一链cDNA的下游引物,共12种,其通式为:5´-T11MN或5´-T12MN。每一种此类人工合成的3´-端锚定引物,都能够把总mRNA群体的1/12分子反转录成mRNA-cDNA杂种分子。因此,用5´-T11MN引物或5´-T12MN引物,可以将整个mRNA群体在cDNA水平上,分成大致相等的位序列结构不同的12个分亚群体。
④由于3´-端锚定引物合成的第一链cDNA群体中,代表某一特定细胞类型或发育阶段的mRNA种的含量是相当低的,所以要把一种只在某一发育阶段或某种细胞类型中表达、而在另一发育阶段或某种细胞类型中不表达的目的基因分离出来,就需要进行PCR扩增,因此在DDRT-PCR反应中还需5´-端随机引物。
优点:
①可以同时比较多个样品间基因表达的差异;
②可以同时检测到“上游”及“下游”基因;
③检测的灵敏度高,所需样品少,一些低丰度的mRNA亦可被检测出来;
④结合使用PCR和序列胶电泳分析两项技术,使本法更加简单方便。
缺点:
①假阳性比较高,通常可高达50%-70%;
②扩增条带的分子长度比较短小;
③工作量大。
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问答题
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问答题
打算将一个 cDNA 克隆到一个表达载体,以便在 E.coli 中大量制备相应的蛋白质。这个cDNA 的两侧具有 BamHI的位点,因此计划将它从 BamHI的位点插入载体中。实验严格地按照克隆手册中的方法进行:载体用 BamHI切割以后,立即用碱性磷酸酶处理除去 5’磷酸;接着将处理过的载体同用 BamHI切割的 cDNA 片段混合,加入 DNA连接酶后进行温育,连接之后,将 DNA 同已处理过的可以接受 DNA的细菌感受态细胞混合。最后,将混合物涂布在加有抗生素固体培养基的平板上。由于载体上带有抗生素的抗性基因,所以,转化的细菌能够存活。实验中同时设置了 4 个对照:
对照1: 将未同任何载体接触过的细菌细胞涂布在培养平板上;
对照2: 将未切割载体转化过的细菌细胞涂布在培养平板上;
对照3: 将经切割(但未用碱性磷酸酶处理)并用连接酶连接(但没有cDNA片段)的载体转化过的细菌细胞涂布在培养平板上;
对照4: 将经切割(并用碱性磷酸酶处理过)并用 DNA连接酶连接(但没有cDNA片段)的载体转化过的细
菌细胞涂布在培养平板上。
在进行第一次实验时,感受态细胞不是自己制备的,结果,在所有的平板上都长出了多到无法计数的菌落(表 2)。在第二次实验中,自己制备感受态细胞,但这一次,所有的平板上都没有菌落生长(表 2)。接着又进行了第三次实验,这次得到了转化子(表 2)。从实验平板上挑出 12 个菌落,分离了质粒 DNA,并用 BamHI进行切割,其中 9个克隆产生大小同载体一样的单一的一条带,另三个克隆中切出一个cDNA 片段,实验终于获得成功。
问答题
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对照2: 将未切割载体转化过的细菌细胞涂布在培养平板上;
对照3: 将经切割(但未用碱性磷酸酶处理)并用连接酶连接(但没有cDNA片段)的载体转化过的细菌细胞涂布在培养平板上;
对照4: 将经切割(并用碱性磷酸酶处理过)并用 DNA连接酶连接(但没有cDNA片段)的载体转化过的细
菌细胞涂布在培养平板上。
在进行第一次实验时,感受态细胞不是自己制备的,结果,在所有的平板上都长出了多到无法计数的菌落(表 2)。在第二次实验中,自己制备感受态细胞,但这一次,所有的平板上都没有菌落生长(表 2)。接着又进行了第三次实验,这次得到了转化子(表 2)。从实验平板上挑出 12 个菌落,分离了质粒 DNA,并用 BamHI进行切割,其中 9个克隆产生大小同载体一样的单一的一条带,另三个克隆中切出一个cDNA 片段,实验终于获得成功。
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菌细胞涂布在培养平板上。
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问答题
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λYES(酵母—大肠杆菌穿梭载体)是构建 cDNA 文库的高效载体,这种载体是λ噬菌体基因组与一个在大肠杆菌和酵母中都能复制的质粒巧妙结合而成,它兼有病毒和质粒载体的优点。cDNA 被插入载体的质粒部分,然后它能在体外被包装入病毒颗粒中,包装起来的载体感染大肠杆菌的效率比质粒本身要高得多。一旦进入了大肠杆菌,λYES中的质粒序列能够被诱导重组出λ基因组,并进行独立复制,这就可以从质粒中分离出来,以便进行进一步的遗传操作。 为了最大限度地提高克隆效率,载体用只有一个切点的限制性内切核酸酶 XhoI(5’-C十 TCGAG)进行切割,然后在 dTTP 存在的情况下,同 DNA 聚合酶一起进行温育。将一种具有平末端的双链 cDNA 同一段含由两段寡聚核苷酸组成的双链寡聚核苷酸接头连接起来,这两段寡聚核苷酸的序列是:5’—CGAGATTTACC 和5’—GGTAAATC,它们的 5’端都是磷酸。然后将载体和 cDNA混合并连接在一起。采用这种方法用 2μg的7载体和 0.1μg 的 cDNA,构建了一个有 4×10 个克隆的 cDNA 文库。
在此过程中,载体分子转变成重组体的频率是多少(每对核苷酸的平均分子量 660Da)?