单链RNA探针的下列优点是单链 DNA探针所没有的：
（1）RNA／RNA和 RNA／DNA 比 DNA／DNA杂交体具有更高的稳定性，因此，杂交可以在更严格的条件下进行，杂交后的信号也比较强；
（2）单链RNA由于不存在互补双链的竞争性结合，所以杂交效率比较高；
（3）RNA中不存在重复序列，所以特异性比较高；
（4）杂交后可用 RNase 消化掉未杂交的 RNA，因此降低了本底。