M.13 克隆系统具有很多优点：
（1）克隆的片段大：M13 噬菌体的 DNA在包装时不受体积的限制，所以容载能力大，有报道，有些噬菌体颗粒可以包装比野生型丝状噬菌体 DNA 长 6～7 倍的DNA（插入片段可达 40kb）。
（2）可直接产生单链 DNA，这对于 DNA测序、DNA诱变、制备特异的单链 DNA探针都是十分有用的。
（3）单链 DNA和双链 DNA都可以转染宿主，并可根据人工加上的选择标记进行筛选。
M.13 克隆系列的不足：
（1）较大的外源片段插入后，在扩增过程中往往不够稳定，一般说，克隆的片段越大，发生丢失的机率越大。
（2）单链载体分子感染的细胞中，往往是单链和双链混杂，分离双链比较麻烦。

（1）削减分子量（除去非必需区和整合区）；
（2）削减酶切位点；
（3）添加选择标记；
（4）引入终止突变。