核酸疫苗的优势：
（1）基因疫苗在接种后，蛋白抗原在宿主细胞内表达，加工处理过程与病毒的自然感染相似，抗原提呈过程也相同，因而可以诱导产生细胞免疫和体液免疫。
（2）因外源基因在体内存在较长时间，不断表达外源蛋白，持续给免疫系统提供刺激，因而非常方便。
（3）DNA质粒性质相对稳定，疫苗在制成千粉后能在室温保存很长时间，因此运输和贮存非常方便。
（4）质粒构建和生产都比较容易.一旦构建好，就可以转化到大肠杆菌中进行大规模扩增并纯化出来，而且这种生产工艺建立起来以后，几乎对所有质粒都通用。
（5）成本低，由与DNA疫苗都不存在运输和贮存的问题，而且大规模生长简单，所以成本大大降低。
（6）使用方便.多种免疫途径对DNA疫苗都适用，而且没有载体或佐剂也可发挥作用。
（7）可制成多价疫苗，产生联合免疫，几乎任何DNA片段都可以插入到DNA质粒中作成疫苗，而一个DNA质粒可以同时容纳一个以上的抗原基因，包括一些可以影响免疫反应的分子的基因。
（8）由于质粒DNA几乎无免疫原性，使用时不会受到个体已有的免疫反应影响。这一特点对具有母源抗体的婴儿尤为重要。
（9）可重复使用。
（10）安全稳定，在迄今所作的核酸免疫试验中未检测到抗体DNA的抗体，也未发现DNA整合现象。而减毒活疫苗的危险性，死疫苗释放的异种蛋白则可引起一定的副作用。