当 DNA 序列的差异发生在限制性内切核酸酶的识别位点时，或当 DNA 片段的插入、缺失或重复导致基因组 DNA经限制性内切核酸酶酶解后，其片段长度的改变可以经凝胶电泳区分时，DNA 多态性就可应用限制性内切核酸酶进行分析，这种多态性称为限制性片段长度多态性(restrictionfragmentlengthpolymorphism,RFLP)。