氨基酸的分离的方法有
（1）溶解度差异沉淀法是一种依据不同氨基酸在水中或其他溶剂中的溶解度差异而进行分离的方法。
（2）特殊试剂沉淀法是采用某些有机或无机试剂与相应氨基酸形成不溶性衍生物而分离的方法.如邻二甲苯-4-磺酸能与亮氨酸形成不溶性盐沉淀，后者再用氨水分解，又可获得游离-亮氨酸。
（3）吸附法是利用吸附剂对不同氨基酸吸附力的差异进行分离的方法。
（4）离子交换法是利用离子交换剂对不同氨基酸吸附能力的差异进行分离的方法.氨基酸为两性电解质，在特定条件下，不同氨基酸的带电性质及解离状态不同，故一种离子交换剂对不同氨基酸的吸附力，因此对氨基酸混合物进行分组或实现单一成分的分离.由于氨基酸是两性电解质，当介质的pH低于等电点时以阳离子形式存在，这时，几乎所有的氨基酸都能用强酸型离子交换树脂进行交换。其等电点越高，亲和力越大，交换吸附力越强，越容易交换吸附.离子交换法提取氨基酸多采用强酸型阳离子交换树脂。
（5）化学合成与酶促合成法化学合成法要求较高的合成条件，且得到的多为DL。氨基酸，尚需对异构体拆分；酶促合成法是酶工程的应用，具有工艺简单、转化率高、副产物少，易提纯等优点。