影响培养基质量的因素：
（1）①有机氮源的原材料质量是引起生产水平波动的主要因素之一。引起有机氮源质量变化的原因，主要是加工用的原材料品种、产地、加工方法和贮存条件；
②碳源对发酵的影响虽不如氮源的影响显著，但由于质量的差异也能引起发酵水平的波动。采用不同的原料、产地、加工方法制备的淀粉、葡萄糖和乳糖等产品，其质量是不同的；
③培养基中所使用的无机盐（如碳酸钙、磷酸盐）前体物（如苯乙酸）等化学物质，其组成明确，有一定的质量规格，较易控制。但有的化学物质，由于杂质含量变化，对生产水平也有影响，如碳酸钙中氧化钙含量高时，就显著影响培养基的PH值和磷酸盐的含量。
（2）水的影响：水是构成培养基的主要原材料之一。水的质量对许多产品的生产有较大的影响。大生产中使用的水有深井水、自来水、地表水和蒸馏水。水中含有的无机离子和有机物的含量是不同的，水中无机离子和其它杂质的含量与环境条件相关。深井水质因地质结构、井的深度、采水季节等的不同而异。地表水的水质与环境污染程度密切相关，同时受到季节的影响；
（3）灭菌的影响：工业发酵中，都采用饱和蒸汽灭菌方法杀灭培养基中的有机体。在灭菌过程中，培养基中的营养成分产生降解或某些化学反应，蒸汽压力愈大或灭菌时间愈长，营养成分破坏的愈多，同时某些营养成分之间的化学反应愈强。这一系列作用均能使菌体需要的营养成分减少，同时产生某些对微生物代谢有毒副作用的物质，从而影响菌体的生长或某些代谢作用，糖类在高渗条件下易被破坏，特别是还原糖与氨基酸、肽类或蛋白质等有机氮源一起加热时，更容易产生化学反应，灭菌过程中，培养基中的无机盐之间也可能产生化学反应；
（4）其它影响因素：
①培养基的PH值对微生物的生长和代谢产物的合成有较大的影响。在配制培养基时，为使培养基灭菌后的PH值适于菌体生长，有时在灭菌前用酸或碱予以调整。如果培养基的配比不合适，出现PH值偏低或偏高，在灭菌过程中，有可能加速营养成分的破坏，因此，确定培养基PH时，应以改变营养物质浓度比例，尤其是生理酸碱性物质的用量来调节培养基PH为主，用酸碱调节为辅；
②培养基的粘度对发酵水平有一定的影响。还对发酵参数控制和产品的分离精制都有影响。因此，研究培养基的液体化，是保证培养基灭菌质量，提高生产水平的有效途径之一。