菌种处于不利于发酵的生理状况的原因：
（1）一个菌种不是纯一的群体，而是有一些变株混合组成，这些变株所占的比例决定该菌种的特性。
（2）菌种培养基可通过影响菌株的生理状况而影响发酵产量。菌种培养基营养过于丰富不利于孢子形成而不利于发酵。菌种培养基营养贫乏也同样不利于发酵。因为菌种在营养贫乏的培养基中多次传代，会使菌体细胞内缺乏某些生长因子而衰老甚至死亡。
（3）在某些培养条件下，菌种的某些人基因处于活化状态或阻遏状态，而使得菌种的生理状态改变。这种改变可能以类似于生理性迟延或细胞分化的机制保持一段时间。

初级代谢中影响酶活性的因素：
⑴环境条件；
⑵基质种类和浓度；
⑶代谢中间产物性质；
⑷中间产物在总代谢中的作用的调节和控制。