从生化代谢方面看，次级代谢产物的次级代谢与初级代谢关系：
⑴从生化代谢方面看，次级代谢产物的生源说和生物合成途径虽然比较复杂，但是它们的合成途径与初级代谢途径相互交叉又相互制约，因此菌体代谢过程中产生的某些中间产物，既可用于合成初级代谢产物，又可用于合成次级代谢产物。这种中间产物叫做“分叉中间体”；催化次级代谢途径中各步反应的酶或酶系，既有初级代谢途径中的酶，如还原型辅酶Ⅱ等，又有次级代谢特有的酶，如青霉素合成的酰基转移酶。
⑵从遗传控制看，初级代谢与次级代谢都受到核内遗传物质的控制，次级代谢产物合成同时受到核外遗传物质质粒的控制，因此，有人将受到质粒控制的代谢产物称为“质粒产物”。