职能式组织是按职能原则建立的项目组织，进行项目运作时，各职能部门根据项目的需要承担本职能相应的工作，项目组织成员没有脱离原来的职能部门，项目工作属于暂时工作性质。其优点是提高了人力资源利用率、有利于提高管理的技术水平，但存在责任不明确、协调困难，局限性大、沟通困难等缺点。
项目式组织是从原企业组织中选拔项目所需要的各种人员，组成项目组织，项目结束后项目组织解散，人员返回原职能部门。其优点是权力集中、专业技术人员集中，能快速做出决策，效率高，缺点是浪费人力资源、专业技术人员容易产生临时观念和不满情绪而影响积极性的发挥，办事效率降低。