蛋白质翻译后的前体蛋白是没有活性的，需要进行一系列的加工之后才能发挥功能，参与蛋白修饰的蛋白主要有以下几种：
（1）组蛋白甲基化转移酶：参与组蛋白甲基化修饰，作用于赖氨酸、精氨酸侧链的N原子上，甲基化的个数与基因的沉默和激活相关。
（2）组蛋白乙酰化转移酶和组蛋白去乙酰化转移酶：参与组蛋白乙酰化与去乙酰化修饰，可以通过对组蛋白电荷及相互作用蛋白的影响来调节基因转录。
（3）蛋白磷酸化激酶、蛋白质磷酸酶：蛋白质磷酸化是蛋白质翻译后修饰中最为广泛的共价修饰形式，两者相反的作用是目前所知最主要的信号传导方式。
（4）糖基转移酶：参与的N-糖基化与分泌型蛋白相关。
（5）泛素激活酶、泛素结合酶、泛素蛋白质连接酶：参与的泛素化修饰与蛋白质降解相关。