审计处理阶段主要有以下工作：
一是根据审计报告，出具审计意见书（整改意见书）；
二是向审计派出单位领导和有关负责人汇报审计情况；
三是作出并下发审计处理决定；
四是进行后续审计，主要是对审计整改意见书和处理决定的落实情况进行审计；
五是按照谁办案谁立卷的原则，整理建立审计档案。