根据“审计法”和有关法规的规定，农村信用社内部审计部门和审计人员的职权主要有：
一是有权检查会计凭证、账簿、报表、资金、财产，查阅有关文件、资料；
二是有权对审计发现的问题向有关单位和人员进行调查并索取证明材料；
三是有权要求被查单位报送或提供有关财务、信贷等各种经营资料；
四是有权提出制止、纠正和处理违反金融法规和财经纪律的意见并提出改进管理的建议；
五是有权对违法违规的行为按有关规定进行审计处罚或移交有关部门处理；
六是有权对阻挠、拒绝和破坏审计工作的行为采取封存账册和资财等临时强制措施；
七是有权向上级审计部门和授权人或委托人汇报审计发现事项，审计报告可以越级抄报；
八是有权牵头组织内部控制综合评价。