审计的职能是指审计本身固有并能体现审计本质属性的内在功能，农村信用社内部审计的职能是“独立评价”，评价是指审查和评定。具体有以下几种：
一是经济监督职能（基本职能），它是指通过审计，督促被审计对象的经济活动在规定的范围内沿着正常的轨道运行；检查受托经济责任人忠实履行经济责任的情况。
二是经济评价职能，是指对被审计对象的经济资料及经济活动进行审查，并依据相应的标准对所查明的事实作出分析判断，肯定成绩揭露问题，寻求提高效率和效益的道路，如内控综合评价。
三是经济鉴证职能，是指对被审计对象的会计报表及其他资料进行检查和验证，确定其经营成果、状况的真实性、合法性，为审计授权人或委托人提供确切的信息。
四是防护职能，是指通过审计帮助被查对象及时找出经营中的风险点，督促其整改，从而防患于未然。