所谓“秘书专政”，是指中国共产党建党初期，在党内政治生活和组织生活中出现的秘书越权的不正常现象。具体说，当时的党中央秘书由中央一名主要领导人兼任，他是党中央第一把手书记或委员长的助手，处于协助者的地位，而非主要决策者。1926年前后，一些机关的主要领导人被捕或暂时离职，由秘书代行最高领导职权，主持机关工作；也有些机关领导人出身于工人、农民，不识字，文化水平、工作能力低，他们在拟制决策性文件、发布指示、贯彻上级决议时，主要依赖秘书，秘书成为了实际上的决策者、领导人；还有的秘书受命去督促检查工作，自比“钦差大臣”，擅自决断，发号施令。这种秘书越权的情况，一时造成了“秘书专政”的局面，严重违反了党的组织原则，干扰了机关领导工作。
为了纠正这种不正常的状况，党中央采取了两项措施：一是将中央执行委员会秘书、中央各部委秘书、各区执行委员会秘书一律改称秘书长，作为领导班子的一员，并负责秘书部门工作；二是各级机关普遍设置秘书机构，其职责是“总揽各种技术工作”，即全面承担机关的秘书工作。前者是为了防止秘书个人越权，后者是为了防止秘书机构越权。