三个阶段：起动期、分裂期、形成期
起动期：是愈伤组织形成的起点。外植体已分化的活细胞在外源激素的作用下，通过脱分化起动而进入分裂状态，并开始形成愈伤组织。这时在外观上未见明显变化，但实际上细胞内一些大分子代谢动态已发生明显的改变，细胞正积极为下一步分裂进行准备。细胞内合成代谢活动加强，迅速进行蛋白质和核酸等物质的合成。形成愈伤组织时的变化，不仅是DNA，而且RNA以及蛋白质均表现明显。
分裂期：分裂期是外植体切口边缘开始膨大，外层细胞通过一分为二的方式进行分裂，从而形成一团具有分生组织状态细胞的过程。在这个过程中，培养组织的细胞中RNA及其一些成分随着细胞的不断分裂而开始减少，DNA含量始终保持不变。由于细胞分裂的速率大大超过了细胞的生长速率，结果使每个细胞体积显著减小，鲜重下降，但细胞的数目迅速增加。最后细胞内这些成分的积累又和分裂达到一种协调状态，细胞的体积不再减小，内无大液泡，细胞核大，核仁明显。
形成期：形成期是指外植体的细胞经过诱导、分裂形成了具有无序结构的愈伤组织时期。这个时期特征是细胞大小不再发生变化，愈伤组织表层的分裂逐渐减慢和停止，接着内部组织细胞开始分裂，细胞数目进一步增加。