宦官专权
明成祖由于在“靖难之役”中曾得力于宦官，不时委以出使、监军等大权，并设立“东厂”，由亲信太监执掌。英宗以后，宦官乘机弄权干政，宦官专政局面开始形成。明朝后期又设立西厂、内行厂，朝政大权均有宦官操纵，宦官在经济上的贪污受贿，疯狂聚敛也是惊人的。
内阁纷争
明朝统治阶级内部争权夺利的内阁纷争日益加剧，并与宦官专权一起成为明朝日益走向衰落的催化剂。英宗时期，太皇太后委政于“三杨”，开创了明朝的“票拟”制度。内阁成为虽无宰相之名，却有宰相之实的核心人物，为谋得内阁的职位，各官僚集团开始明争暗斗，自嘉靖初年的“大礼仪”之争后愈演愈烈。宦官专权与内阁纷争，使吏治腐败，政局混乱，激化了社会矛盾，也加速了明王朝的腐朽没落。
土地兼并与流民问题
明中叶最突出尖锐的社会问题莫过于土地兼并及由此引发的一系列社会危机。明代皇帝带头兼并土地建立皇庄，使土地兼并之快、之多，均为历史罕见。不仅民田，甚至草场、屯田等国有土地也纳入了权贵兼并的范围内，明代的军屯制度因此破坏。土地兼并的结果，使大批农民破产逃亡，成为乞食而活的流民，国家财政收入和载籍户口也明显减少。流民们或走入店铺和手工业作坊谋生，或沦为奴隶，或进入山区垦荒、进入矿区违禁采矿，或铤而走险出洋为商或为盗，走投无路后相继揭竿起义。
张居正改革
张居正改革使社会矛盾有所缓和，国家财政有所好转，但改革触动了部分大官僚和大地主的利益，遭到强烈反对，他死后保守派秉政，其改革措施，除了一条鞭法外，皆被废止，明朝社会危机愈加严重。