失败原因：由于黄巾起义发生在封建割据倾向迅速发展，豪强地主拥有强大武装的年代，所以这种地主武装同官军联合，处处拦截和镇压农民军，迫使农民军不能集中力量发动大规模的进攻，不能摧毁敌人的主力军。起义高潮过去以后，黄巾余部和黑山军各部人数虽然很多，但是缺乏攻击力量，在四面八方的敌人夹攻中相继失败。汉中张鲁率五斗米道亦举行起义，坚持斗争到公元215年。
意义：
（1）黄巾起义发动的广泛，计划的周密，在我国历史上是空前的；特别体现在以宗教组织和带有宗教性质的号召来发动和组织群众，而且是以农民领袖的身份进行领导，无需假托当权集团的人物来发号施令。这与秦末及西汉末年的农民起义有了质的飞跃。而黄巾起义中农民与地主的阶级对立的鲜明，也是前所未有的，体现了当时阶级斗争的激烈程度。
（2）起义取得了瓦解东汉王朝的伟大成果。沉重打击了封建官僚、宦官、外戚三大集团的阶段性胜利。极端黑暗腐败的宦官、外戚集团虽然暂时还起着作用，但由于失去了东汉王朝的凭借，不久以后也就从历史上消失了。
（3）“苍天已死，黄天当立”口号对儒家处于颠峰状态的东汉时期伦理纲常的反动说教，打击十分沉重。使地主阶段不得不以玄学来代替儒学。