“选区电子衍射“指在物镜像平面上放置一个光阑限定产生衍射花样的样品区域，从而分析该微区范围内样品的晶体结构特性。
当电镜以成像方式工作时，中间镜物平面与物镜像平面重合，荧光屏上显示样品的放大图像。此时，在物镜像平面内插入一个孔径可变的选区光阑，光阑孔套住想要分析的那个微区。因为在物镜适焦的情况下，物平面上同一物点所散射的电子将会聚于像平面上一点，所有对应于像平面上光阑孔的选择范围A‘B‘，只有样品上AB微区以内物点的散射波可以穿过光阑孔进入中间镜和投射镜参与成像，选区以外的物点C产生的衍射波则全被档掉。
当调节中间镜的激磁电流，使电镜转变为衍射方式操作时，中间镜物平面与物镜背焦面相重合。尽管物镜背焦平面上第一幅花样是由受到入射束幅照的全部样品区域内晶体的衍射所产生，但只有AB微区以内物点散射的电子波可以通过选区光阑进入下面的投射系统，所有荧屏上显示的只限于选区范围内晶体所产生的衍射花样，实现了选区形貌观察与晶体结构分析的微区对应性。
这两种方法可以研究我们感兴趣的微区的晶体产生的衍射花样，从而实现选区观察与衍射的对应。