别除权的行使通常需注意以下问题：
（1）别除权人应于法定期间内申报其债权，说明其性质和数额；担保标的物为别除权人占有的，管理人要求提示标的物进行估价时，别除权人应予配合而不得拒绝。管理人如能全额清偿其债务数额的，别除权人不得拒绝管理人取回担保标的物。
（2）别除权人于破产宣告后不主动行使别除权时，除非放弃优先权，则不得拒绝管理人对标的物的拍卖，别除权人只能就拍卖价款优先受偿。但别除权人于破产案件受理后至破产宣告前行使别除权的，须经人民法院同意。
（3）当债务人是以自己的财产为他人债务担保时，一则，别除权人放弃优先权并不能使该债权转化为破产债权；二则，担保标的物不足清偿的部分也不得作为破产债权对待。当债务人是以自己的财产为自己的债务担保时，别除权人就担保标的物行使优先权不能得到满足的部分，可作为破产债权参加分配。但在中间分配中，别除权人如不能向管理人证明其已着手行使权利并说明其残余额，不能参加中间分配。
（4）在最后分配期间，别除权人如果未表示放弃别除权或不能证明已行使别除权的不足额，可从最后分配中被除斥。
实务中，有财产担保债权的行使还可能遇到与职工优先权之间的关系这一疑难问题。按照《企业破产法》第132条规定，2007年6月1日新《企业破产法》施行后，破产人在本法公布之日前所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金，依照法定分配顺序分配后不足以清偿的部分，以已经设定担保权的特定财产优先于担保权人受偿。