①Ⅰ型酶分子质量较大，是多聚体蛋白质，具有切割未经修饰的DNA的功能；
②Ⅱ型酶是一类分子量较小的单体蛋白，作用时需在镁离子存在便可在特殊位点切割DNA，产生具有黏性末端或其他形式的DNA分子片段。
③Ⅲ型酶属双功能酶，有两种不同亚基，识别位点无规律，也需要较多的辅助因子参加。