在进行丰年虫的孵化时，必须严格操作规范，否则丰年虫卵就不能很好地孵化出无节幼体，造成育苗饵料供应不上，或带入病菌、原生动物，并造成浪费。
丰年虫孵化过程是：
（1）将冷冻的丰年虫取出，在常温下放置2-3天，让休眠卵苏醒。
（2）装入120目尼龙筛绢网内，用水反复淘洗。
（3）移入200毫克／千克的福尔马林溶液内浸泡消毒半小时（也可用有效氯含量为 10%的次氯酸钠溶液浸泡，浓度为300毫克／千克，但浸泡后要用大苏打中和余氯）。
（4）将消毒后的冬卵按每升水3-4克的比例放入孵化糟（池）内孵化，保持水温27-30℃，盐度20%-30%。并进行剧烈通气，一般经 小时就可孵化出幼体。
（5）丰年虫无节幼体分离。首先停气静止10分钟，如 有分离装置，可直接从集幼管道收集无节幼体；如没有的，可采取虹吸法 目筛绢袋内。把无节幼体吸入120目筛绢袋内。 
（6）吸入筛绢的丰年虫无节幼体用淡水冲洗数次后即可以分料投喂了。