卫气营血辨证与三焦辨证均可用于温热病的辨证方法，以分析其病理变化，从而明确病变部位，识别病情轻重，了解病势进退，掌握疾病演变规律，为治疗提供正确依据。卫气营血辨证和三焦辨证均能反映温热病发展变化的规律。其不同的是：
卫气营血辨证更强调温热病的阶段性，即把温热病发展过程中出现的临床表现划分为四类不同证候，以说明其病变浅深轻重四个阶段。
三焦辨证则强调脏腑在温病中的病变特点，故是在三焦所属脏腑病证的基础上，说明温热病初、中、末三个阶段的病变规律。上焦证候包括手太阴肺经和厥阴心包经的证候，为温热病的初期；中焦病证包括足阳明胃经和足太阴脾经的证候，为温热病的中期；下焦证侯包括足少阴肾经和足厥阴肝经的病证，为温热病的末期。
卫气营血病证与三焦病证的共同之处有：卫分证的风热袭肺与上焦邪袭肺卫相似；气分证的肺胃热盛与中焦的阳明燥化相似；营分证与上焦的温邪逆传心包相似；血分虚热证与下焦病证相似。其不同的是卫气营血辨证对温热病的传变规律较三焦辨证论说更为适当。如对温热病的血分实热证，是因血热炽盛，热邪迫血妄行而致各种出血现象，以及热灼肝经而见热极生风之象，也有详细说明。而三焦辨证对温热病末期出现的肝肾真阴灼伤之证，论述较为详细。总之，卫气营血辨证与三焦辨证各有所长，临床上把两者结合起来运用则能更好地辨别病证。