男性非淋菌性尿道炎临床表现与淋病类似但程度较轻。常见症状为尿道刺痒、刺痛或烧灼感，少数有尿频、排尿时疼痛；体检可见尿道口轻度红肿，尿道分泌物多呈浆液性，量少，有些患者晨起时会发现尿道口有少量分泌物结成的脓膜封住了尿道口(“糊口”现象)或内裤被污染；部分患者可无任何症状或症状不典型，有近半数的患者在初诊时易被忽略或误诊，有10%～20%患者同时合并淋球菌的感染。非淋菌性尿道炎的并发症有附睾炎、前列腺炎、Reiter综合征、直肠炎、眼虹膜炎、强直性脊柱炎等。