在知行关系问题上，王守仁反对二程、朱熹的“知先行后”说，认为知行是不可分割的，由此，他提出了“知行合一”说。王守仁认为，认识都来自内心，不承认外在世界是认识的源泉，当然不会承认实践是认识的基础。但他又提出“知行合一”，这在他的主观唯心主义哲学中是不矛盾的，而且是他的思想的重要组成部分。他的“知行合一”说，包含三层含义：
1、知行同时发动
他说：“一念发动处即是行。”他认为，良知发动时产生的主观意念、情感、动机等都可以叫做行。他说：“《大学》指个真知行与人看，说‘如好好色，如恶恶臭’。见好色属知，好好色属行，只见那好色时已自好了，不是见了后又立个心去好。闻恶臭属知，恶恶臭属行，只闻那恶臭时已自恶了。不是闻了后别立个心去恶。”即王守仁特别强调行只是一种好恶爱憎的情感。好恶的情感活动即是行，不必身体有所活动，只要心中有所爱憎，就是行了。
2、知行相互依存
他说：“知是行的主意，行是知的功夫，知是行之始，行是知之成。”王守仁的这些话强调知行二者不可分离的关系，以反对知而不行的弊病。
3、知行相互包含
他说：“知之真切笃实处即是行，行之明觉精察处即是知。”王守仁认为，人类有目的的活动都是知行统一的过程。他反对“冥行妄作”，不思维考察便任意地去做，更反对“悬空思索”，揣摩影响，而不去身体力行。他很强调在习行中学习知识。他说，一个人学射，只有“张弓挟失，引满中的”，才说得上是学了射。一个人学书，只有“伸纸执笔，操觚染翰”，才说得上是学了书。这些观点，有一定的合理性。即他从知行的不能相离，进而认为知行只是一个事物的两个方面，只是一个过程，在这个过程中，切实用力的方面叫做行，觉悟理解的方面叫做知，两者是不能分开的。