环境影响评价制度在我国已实行了近20年，发挥了很好的作用，但实践中也存在一些问题，
（1）审批的依据和标准的掌握.环境影响评价制度作为限制的一种手段，其目的在于取得环境保护与经济发展的协调，防止不当开发和建设.但目前我国有关法律对审批标准缺乏具体规定，实践中有时发生矛盾和仩皮现象.这里存在一个审批标准掌握适度的问题，限制过严，会影响经济发展和资源开发；限制放宽，会失去评价的意义，放过不该建设的项目而造成后患.
（2）谁对评价承担法律责任.一般说，建设单位作为建设主体，应对评价承担法律责任.但是，由于环境评价工作本身具有极强的专业性和技术性，也必须明确评价工作的法律责任.因此，我国有关法律规定，对从事环境影响评价的单位实行资格审查制度，评价单位必须持有<建设项目环境影响评价资格证书>.按照证书中规定的等级和范围从事评价工作，并要对环境影响评价的结论负责.
（3）环境影响评价的可靠性问题.环境影响评价是一项综合性的，复杂性的技术工作，需要多学科配合和采用各种新技术，因而对评价的可靠性问题，综合性预测的标准与方法问题，某些难以计量的环境因素如生态影响和确切表达问题，都还需要进一步研究解决.
（4）基本建设管理程序和环境影响评价程度相结合的问题.过去我国经济建设以计划为主，各种大中型项目都要按基建管理程序进行.我就发生了基建管理程序和环境影响评价程序如何结合的问题.按照法律规定，环境影响评价报告书的编制和审批，要在项目的可行性研究阶段完成，而可行性研究阶段，只解决拟建项目的可能性问题，还不能为环境影响评价提供必要的，详细的基础资料，如拟建项目的确切规模，设备，工艺流程”三废”排放资料等.这些资料往往要在总体设计方案或规划设计方案提出后才能提供，因而影响到评价工作的正常进行和评价工作的可靠性.这是环境影响评价程序上尚待研究解决的问题.