社会现象的复杂性、人的特殊性、研究的干扰性、保持客观性的困难以及研究所受到的各种限制，构成了社会研究中最主要的困难。
（1）人的特殊性。人是一种有思想、有感情、有动机、对社会研究的活动有反应的研究对象，他们有自我意识，也有主观意志。这种主体意识又可以控制、影响和改变人们的具体行为，使得社会研究中对各种社会现象、各种社会行为的解释和预测，常常达不到自然科学中所能达到的那样高的准确程度。
（2）研究的干扰性：对人们的社会行为进行研究，这种行为本身就可能改变它所研究的行为；无论是采取调查的方法、实验的方法，都在不同程度上存在这种干扰和影响。
（3）社会现象的复杂性。社会生活中人们的不同行为既会受到个人特定的生理因素、心理因素的影响和制约，还会受到他所生存的社会环境，他所具有的社会关系以及他所形成的社会互动的影响和制约。因此，社会研究者通常比自然科学研究者要面临更多、更复杂的变量，他们也往往更难分清现象的原因和结果。
（4）研究受到特定的制约。研究者有时还受到伦理的、政治的因素的限制。在社会研究中，研究者必须十分谨慎地在自己的研究与人们的尊严、权利、利益之间，在自己的研究与社会的伦理、道德、法律、规范之间，划开明确的界限。
（5）保持客观性的困难。与自然科学家不同，社会学家本人也是他所研究的对象的一部分。因此，社会研究者在研究过程中要保持客观的、超然的态度就要困难得多。