运用社会系统研究方法，进行社会科学研究，分析认识各种社会问题和社会现象，有很多重要的方法论原则，包括：整体性原则结构性原则层次性原则开放性原则
一、整体性原则
系统的整体性表明，整体的功能并不等于它的组成部分功能的简单相加，这就是所谓的系统的“非加和性”，即整体不等于部分的总和。
对我国社会主义现代化建设实践的指导意义：在我国社会主义现代化建设实践中，要坚持整体性原则，维护国家和民族利益，做到保护个人利益的同时，集体利益高于个人利益，不能损公利己，关注经济、政治、文化、社会、生态等社会各个方面的关系，在实践中要坚持西部大开发、东部崛起、老工业基地复兴等计划，坚持共同富裕为目标等等，实现社会和谐发展。
二、结构性原则
结构是系统中诸要素相互联系、相互作用的方式。社会系统有什么样的结构，就相应的有什么样的功能，结构发生了变化，社会系统的功能也就必然发生变化。
对我国社会主义现代化建设实践的指导意义：在我国社会主义现代化建设实践中，要重视结构性原则，坚持改革开放政策原则，改革不适应生产力发展的经济体制、经济制度、以及政治体制，促进生产力的发展推进和谐社会建设进程。
三、层次性原则
系统的层次性，揭示的是系统的不同层次之间的关系。层次是指在系统中不同的组成部分依次隶属的等级关系。对系统的层次性研究表明，系统的不同层次既有共同的运动规律，也有各自特殊的运动规律。
对我国社会主义现代化建设实践的指导意义：在我国社会主义现代化建设实践中，要坚持层次性原则，具体问题具体分析，关注各个层次问题和各个问题不同层次的特点和规律，对症下药，实现问题解决的有效性和科学性。
四、开放性原则
系统具有开放性，即系统与外界环境之间不断进行物质、能量和信息的交换，正是通过这种交换，使系统维持和更新自身的结构，从而实现从无序向有序的演化。
对我国社会主义现代化建设实践的指导意义：在我国社会主义现代化建设实践中，要坚持开放性原则，坚持对外开放原则，国家社会各个方面不再封闭融入世界发展大潮中，取世界资源为我国发展所用，促进本国发展。