污水处理中常见的原生动物有三类：肉足类、鞭毛类和纤毛类。
原生动物在水体净化与废水处理中的应用
1.净化水质作用
动物性营养型的原生动物吞食细菌、有机物颗粒，因此促进了水质净化作用。
2.促进生物絮凝作用
草履虫等纤毛虫具有生物絮凝作用，促进水体澄清作用。
3.作为水质处理的指示生物
由于鞭毛虫、肉足虫、游泳型纤毛虫与固着型纤毛虫对生存的水质有一定要求。其数量的增多、减少，可反映水体的水质好坏。同时原生动物个体较大，易于观察与分辨。因此常作为水体无机化和废水处理运转管理的指示生物。
4.废水处理及水质净化过程原生动物的变动
运行初期出现肉足类、植物性、动物性鞭毛虫；水质处理高峰期出现较多游泳型纤毛虫；水质净化较好时出现钟虫等。