水中二氧化碳的主要来源是从水生动植物的呼吸作用和有机物分解而产生。二氧化碳含量的变化与氧相反，是白天少而夜间多。在一般情况下，鱼池中二氧化碳的含量不应超过20毫克／升，过多的二氧化碳对鱼有毒害作用。二氧化碳超过90毫克／升时，鱼呼吸困难，超过200毫克／升时，鱼便昏迷而死亡。一般在自然情况下，池塘中的二氧化碳不易达到使鱼类麻痹致死的浓度，只有在氧气不足的情况下，二氧化碳的麻痹作用才表现明显。冬季结冰后，水中的二氧化碳不易逸出，同时逐渐增多，而氧气的含量又逐渐低少，所以冬季容易出现因CO₂含量过高造成鱼类大批死亡。
水中硫化氢的主要来源是在水中缺氧和水质被极度污染。由于蛋白质分解而产生硫化氧，或者是从含有硫酸盐的水中，由于还原细菌的活动，使硫酸盐变成硫化物，再与二氧化碳及水作用而产生。硫化氢对鱼类有毒害作用，它可与血红素中的铁化合，使血红素失去携氧能力，造成鱼体组织缺氧。另外，1毫克硫化氢要消耗1.4毫克氧气，因而硫化氢可导致水中氧气剧烈减少。在鱼池中，硫化氢是不经常产生的。溶氧充足的鱼池，硫化氢的浓度不应超过1毫克／升，在越冬池中不应超过0.7毫克／升。