流式细胞仪由三部分构成：
1.传感系统，包括样本递送系统、样品池、检测系统、电子传感器和激光源等。
2.计算机系统。
3.电路、光路和水路系统，有电源、光学传导和滤片、鞘液循环和回收部分等。
流式细胞仪的工作原理是使悬浮在液体中分散的经荧光标记的细胞或微粒一个个地依次通过样品池，细胞的流速可达9m／s，同时由荧光探测器捕获荧光信号并转换成分别代表前向散射角、侧向散射角和不同荧光强度的电脉冲信号，经计算机处理形成相应的点图、直方图和假三维结构图像进行分析。