ISM规则与ISO9001：2000标准共性条款及其区别如下：
1.指定人员与管理者代表
（1）ISM规则要求公司任命一名或数名指定人员作为公司安全管理体系运行的监控者，同时也是船舶与公司最高管理层之间的联系渠道，并确保按需要提供岸基地的支持。
（2）ISO9001标准要求：最高管理者应指定一名管理者，无论该成员在其他方面的职责如何，应具有以下方面的职责和权限：
①.确保质量管理体系所需过程的建立、实施和保持；
②.向最高管理者报告质量管理体系的业绩和任何改进的需求；
③.确保在整个组织内提高满足顾客要求的意识。
（3）一般来说，两者基本职责都是负责体系的运行和维护，所以建立质量安全管理体系的公司常指定一名最高管理层成员兼任指定人员和管理者代表
2.文件与记录管理
（1）ISM规则对文件的控制要求主要有三条：
①有关部门均能得到有效文件；
②文件的更改应经授权人的批准；
③及时清除被废止的文件。且ISM规则中未明示对记录的管理要求。
（2）ISO9001标准对文件的控制要求更高，包括：必要时对文件进行评审、识别最新状态、识别外来文件并控制其分发等。
（3）此外ISO9001标准对记录管理提出明确要求。
3.人力资源管理
（1）ISO9001要求从教育、培训、技能和经验等方面确保人员适岗。而ISM规则仅提出了对船员的适任要求。
（2）ISO9001要求确保员工认识到所从事体系活动的相关性和重要性，以及如何为实现目标作出贡献。而ISM规则未明示此要求。
（3）ISM规则对新聘转岗人员熟悉职责有明确要求，而ISO9001未明示此要求。
（4）ISM规则对工作语言有要求，而ISO9001未明示此要求。
4.不合格（不符合）
（1）ISO9001中将不合格定义为：“未满足要求”，其中“要求”包括：明示的、通常隐含的或必须履行的需求或期望。
（2）ISM规则中的不合格（不符合）指：“不符合规定的情况”。
（3）由于“要求”与“规定的情况”内容不尽相同，故ISO9001、ISM规则中的不合格（不符合）内在含义也不完全一样。
5.内审
（1）ISO9001中的内部审核必须审核体系运行的符合性和有效性，且明确要求在审核前进行策划。
（2）ISM规则中的内部审核只要求审核体系运行的符合性，且未明确要求在审核前进行策划。
6.体系有效性评价与管理评审
（1）ISM规则要求定期评价安全管理体系的有效性，必要时进行管理评审。
（2）ISO9001要求通过数据分析评价质量管理体系的有效性，且规定了对哪些信息进行分析，但未明确要求定期开展；ISO9001要求按策划的时间间隔评审质量管理体系，且规定了管理评审的输入和输出。