17世纪哲学与科学的兴盛弘扬着一种清新的理性主义精神。在17世纪，理性主义的生长表现为一种普遍的怀疑精神和经验立场，普遍的怀疑精神是那个时代哲学家和科学家的基本原则，而经验的立场则是他们共同的出发点。
17世纪的怀疑精神不同于古希腊的怀疑主义，它的目的不是要否定外在世界的真实性，而是要通过怀疑的手段去摧毁中世纪基督教神学和经院哲学构建起来的虚拟世界，从而在确切的经验事实（外在经验或内在经验）和自主判断的基础上去重建一个真实的世界。
17世纪的哲学中，对亚里士多德的演绎三段式的怀疑使得近代经验论哲学创始人弗兰西斯.培根建立了经验归纳法，它成为近代实验科学的重要工具。另外，唯理论哲学奠基者笛卡尔从普遍怀疑的原则出发，根据无可怀疑的内在经验，确立了“我思故我在”的哲学第一原理，并在此基础上构建了他的整个哲学大厦。
17世纪的科学中，正是对托勒密“地心说”的怀疑开始走向公开化和理直气壮，从而使得“日心说”最终在伽利略和开普勒那里得以确立；对盖仑的动、静脉血液“涨落说”的怀疑导致了哈维血液循环学说的产生。这一切自然科学的新成就都建立在与抽象的玄思相对立的实验基础之上。