一般根据组织关系进行纵向和横向分类。
纵向：分为不同职能部门的信息系统；生产、营销、人力资源、财务、采购等不同系统。
横向：战略层系统、管理层系统、操作层系统（分别称为决策支持系统DSS、管理信息系统MIS、业务处理系统TPS）。