允许使用纳税人查补预缴税款抵缴查补税款：
（1）先制作并保存决定书；
（2）单击［预缴信息］按钮，可以查询查补预缴信息。如果没有相应数据，系统会给予提示。
（3）单击［分配预缴］按钮，系统将自动按照征收项目对查补税款进行查补预缴抵缴；
（4）预缴分配后，通过“抵缴明细”按钮，可以对查补预缴抵缴明细进行查询；
（5）预缴分配后，若想取消抵缴，可以单击［取消分配］按钮。
（6）使用查补预缴抵缴的查补信息不可以删除。如果想删除该查补信息，需要先取消预缴分配。
允许使用纳税人当期留抵税款抵缴增值税查补税款：
（1）先制作并保存决定书；
（2）在明细处理信息窗口中“留抵抵应纳税额”栏，填写使用留抵抵缴的税额。只有“处理处罚类型”为“追缴税款”、征收项目为增值税的查补税款才可以使用留抵进行抵缴；“留抵抵应纳税额”不可以超过该纳税人当期的留抵税款总额；使用留抵抵缴后，“留抵抵缴应纳税额”允许清零，即恢复留抵税款，但是将不可以再进行其他修改；通过“留抵税款”和［留抵抵缴明细］按钮，对该纳税人当期留抵税额和抵缴的明细信息进行相关查询。使用留抵税款进行抵缴的查补信息不可以删除。如果想删除该查补信息，需要在取消留抵抵缴（恢复其留抵税款）后进行。取消留抵抵缴，即修改明细处理信息窗口中“留抵抵应纳税额”为零后，保存。