1.选择亲本，要求亲缘关系要远，遗传差异性大的品种或材料做亲本，但不能相差太大以致引起子代不育。
2.产生构图群体，用选好的亲本材料配置杂交组合，建立分离群体。
3.遗传标记的染色体定位，常用的染色体定位方法有单体分析、三体分析、代换系与附加系分析等分析方法，依据染色体剂量的差异，将遗传标记定位在特定的染色体上。
4.标记间的连锁分析，通过分析分离群体内双亲间有多态性的遗传标记间的连锁交换情况和趋于协同分离的程度，即可确定标记间的连锁关系和遗传距离。

1.基因组序列的测定
2.基因定位
3.基因组比较分析
4.标记辅助选择
5.基因的克隆与分离