税收仅仅是众多经营成本中的一种。在税收筹划过程中必须考虑到所有成本，要实施某些税收筹划方案，可能会带来极大的商业重组成本。在交易成本高昂的社会里，税负最小化策略的实施可能会因非税因素而引发大量成本。例如，预期雇主的税率下一期会上升，而雇员的税率保持不变，雇主将雇员的报酬递延到下一期支付能够节约雇主的税收支出。但在这种情况下，一旦公司破产，雇员将处于无法获得支付的风险之下。雇员可能据此要求一个额外的报酬（风险报酬），以补偿其额外承担的风险。因此，税负最小化策略可能并不尽如人意。
企业税收筹划的目的是减轻税收负担。可是，税收负担的减轻是以企业整体收益增长为前提的，税收负担的减轻并不等于企业总体利益最大化，也就是纳税最少的方案并不一定是财务利益最大化的方案。因此，企业在进行税收筹划时，不能只从税收角度考虑，还应结合自身业务的发展，以利润不断增长为最终目标。