耕地保护目标责任制，是指确定一定区域的耕地保护目标任务，措施到位，责任到人，运用目标化、定量化、制度化管理方法，规范各级人民政府、部门以及各级领导的耕地保护工作行为，确保耕地保护基本国策贯彻落实的制度。自1990年以来，耕地保护目标责任制建设在全国范围由点到面、由部门到政府得到逐步推进。除耕地保护目标责任制外，还有基本农田保护目标责任制、土地管理目标责任制、国土资源管理目标责任制等形式。
目前，全国近2/3的省份建立了地方政府耕地目标责任制，在根据土地利用总体规划确定省级政府耕地保护目标和任务后，根据各地区情况，分解耕地保护指标，由上级政府与下级政府、上级国土部门与下级国土部门分两条线逐级签订耕地保护责任书，明确责任制的具体内容和指标。由上级政府及国土部门定期考核目标责任制完成情况，并在考核的基础上建立耕地保护奖惩制度，调动各地保护耕地的积极性。
今后要进一步强化地方政府领导保护耕地的责任意识，部将在完善土地调查统计制度和土地利用动态监测体系的基础上，建立反映各地工作实际效果的考核指标体系，对各省（区、市）耕地保有量和耕地占补情况进行考核并公布考核考核结果，使目标责任制切实对耕地保护起到促进和保证作用。