通过克隆技术将大分子DNA编码的全部或者绝大多数基因或基因组进行扩增后的DNA片段混合物，称为基因文库或DNA文库、克隆库。分为基因组文库和cDNA文库两种。
基因组DNA文库的制备：从生物组织细胞提取出全部DNA，用物理方法（超声波、搅拌剪力等）或酶法（限制性核酸内切酶的不完全酶解）将DNA降解成预期大小的片段，然后将这些片段与适当的载体（常用噬菌体、粘粒或YAC载体）连接，转入受体细菌或细胞，这样每一个细胞接受了含有一个基因组DNA片段与载体连接的重组DNA分子，而且可以繁殖扩增，许多细胞一起组成一个含有基因组各DNA片段克隆的集合体，就是基因组文库。
cDNA文库的制备：提取出组织细胞的全部mRNA，在体外反转录成cDNA，与适当的载体（常用噬菌体或质粒载体）连接后转化受体菌，则每个细菌含有一段cDNA，并能繁殖扩增，许多细胞一起组成包含着某细胞全部mRNA信息的cDNA克隆集合称为该组织细胞的cDNA文库。