碱变性法是常用的质粒抽提方法，其原理是基于染色体DNA与质粒DNA的变性与复性的差异而达到分离目的。在pH值高达12.6的碱性条件下，染色体DNA的氢键断裂，双螺旋结构解开而变性。质粒DNA的大部分氢键也断裂，但超螺旋共价闭合环状的两条互补链不会完全分离，当以pH4.8的NaAc高盐缓冲液去调节其pH值至中性时，变性的质粒DNA又恢复原来的构型，保存在溶液中，而染色体DNA不能复性而形成缠连的网状结构，通过离心，染色体DNA与不稳定的大分子RNA、蛋白质－SDS复合物等一起沉淀下来而被除去。 
小批量碱变性提取质粒DNA的基本过程为—— 
（1）酶或机械法等方法破坏细胞，释放出胞内物质； 
（2）加碱使DNA与蛋白质变性，加中和液复性。因为质粒DNA分子量小易复性，从而使得其与基因组DNA分离； 
（3）在上清液中通过酚－氯仿抽提、去垢剂或酶使剩余蛋白质变性或水解，除去蛋白质； 
（4）再加入醇溶液使质粒DNA变性沉淀而与其他水溶性物质分离； 
（5）将沉淀溶解于有RNase的TE溶液中，温育降解RNA后电泳检测、-20℃保存。