MyoD是只在肌细胞中表达的bHLH蛋白。MyoD很少形成同源二聚体，但它能通过与bHLH蛋白E12或E47形成不能与DNA结合的的异源二聚体，由于Id夺去了MyoD形成异源聚体的E12和E47蛋白，从而阻止了MyoD的活性。

一些能够结构核小体覆盖的DNA，一些不能。例如，TFIIIA不能结合核小体覆盖的DNA而糖皮质激素受体则可以。

同源框蛋白和亮氨酸拉链转录因子通过位于大沟中的α-螺旋与DNA结合。

亮氨酸拉链转录因子识别没有间隔的反向重复序列。亮氨酸拉链区将两个亚基连接在一起，使相邻的碱性区域以相反的极性首尾相连。

突变的转录因子可能不正确的激活促使细胞分裂的基因。

类固醇受体通过Cys-Cys-Cys-Cys模体与锌相结合，而锌指蛋白使用Cys-Cys-His-His模体。