一些能够结构核小体覆盖的DNA，一些不能。例如，TFIIIA不能结合核小体覆盖的DNA而糖皮质激素受体则可以。

同源框蛋白和亮氨酸拉链转录因子通过位于大沟中的α-螺旋与DNA结合。

亮氨酸拉链转录因子识别没有间隔的反向重复序列。亮氨酸拉链区将两个亚基连接在一起，使相邻的碱性区域以相反的极性首尾相连。

突变的转录因子可能不正确的激活促使细胞分裂的基因。

类固醇受体通过Cys-Cys-Cys-Cys模体与锌相结合，而锌指蛋白使用Cys-Cys-His-His模体。

基本的染色质结构使真核基因的转录维持在一个较低的水平，而变构的染色质可造成转录沉默或转录激活。

虽然DNA组成相同，但是不同的基因在不同的细胞内表达。