mRNA游离存在于细胞之中，并且被特异的单链RNA核酸酶所降解。tRNA和rRNA是部分双链的，所以能够免遭酸酶的攻击。另外，rRNA不是游离存在的，通常同蛋白质结合形成核糖体。

因为rRNA需要的量很大，并且没有翻译扩增作用。

在不同的营养状态或细胞分化期间，mRNA的（种类和数量）变化很大；rRNA和tRNA则无此特性。

锤头型核酶在活性位点上结合一个Mg2+。这个Mg2+通过去掉一个质子并攻击切割位点而直接参与切割反应。