组蛋白mRNA3′端的加工需要一个内部发夹环结构及与U7snRNA进行碱基配对。可通过DNA螺旋侧面的核苷酸突变来检测二级结构（组蛋白内部发夹环结构和组蛋白-U7分子间螺旋）的作用，这些突变会破坏加工过程，然后在DNA螺旋另一侧面制造突变使之回复碱基配对能力恢复加工功能。如果出现这种情就说明二级结构对加工更重要。U7snRNA对切割位点的识别恢复了U1snRNA与5′剪接位点、U2snRNA与分支位点区域的相互作用。

U1-5′剪接位点、U2-分支位点、U4-46、U2-U6、U6-5′剪接位点、U5-外显子。

5.8SrRNA是作为前体rRNA大分子的一部分被转录的。