①农村家庭承包经营是计划经济体制下的产物，并且只是生产领域的变革。“交够国家的，留足集体的，余下都是自己的”的产品分配制度以及与之相适应的仅局限于生产过程的“双层经营”模式，使生产力的发展被限制在一块很狭小的土地上，其发展受到了制约。因此，如何把一家一户的家庭经营引向社会主义大市场，解决小生产与大市场之间的矛盾，是我国社会主义市场经济面临的一大课题。
②农村双层经营体制不完善。从全国来看，双层经营体制的完善程度很不平衡。有的地方比较完善，有的地方不够或很不完善。多数地方，集体统一经营这个层次比较薄弱，主要表现在：集体统一服务的功能不健全，一家一户在经营中遇到的问题不能解决；集体经济实力较弱，不少协调和服务职能难以发挥；乡村集体经济组织的管理制度和组织机构不健全，难以发挥应有的作用。
③平均分包土地，导致土地经营规模过小和过度分散。随着农村改革的深化和商品经济的发展，在生产力较为发达的地方，这种“小而全”的生产经营模式已经不适应经济发展的需要。它不利于大规模地进行农田改造和基本建设，不利于推广应用先进的农业科学技术，不利于形成适度规模经营；它也不利于进行农业产业化经营，不利于传统农业向现代农业转变，不利于农业和农村经济与市场经济接轨，不利于实施和推进城乡经济和社会发展的一体化。
另外，在农村土地的适度集中上缺乏明确和细致的法律、法规。虽然土地流转被允许，但是与土地流转相关的劳动力流转问题、土地收益分配问题还需进一步的研究和考虑，否则，很容易影响到农村社会的稳定。虽然，家庭承包经营之中还有一些问题亟待解决，但是农村改革后农村经济发展的历史证明，以农户承包经营为主要特征的生产关系，是适合当前农村生产力的发展要求的，家庭承包经营是农村政策的基石，是农村经营制度的基础，也是农村改革发展稳定的基础，必须长期坚持下去。可以这样讲，没有当年的农村家庭承包经营制，也就没有今天的社会主义市场经济。