RAPD标记的原理同PCR技术主要表现在以下3个方面：
①引物。常规的PCR反应所用的是一对引物，长度通常为20bp（碱基对）左右；RAPD所用的引物为一个，长度仅10bp。
②反应条件。常规的PCR复性温度较高，一般为55—60℃，而RAPD的复性温度仅为36℃左右。
③扩增产物。常规PCR产物为特异扩增，而RAPD产物为随机扩增。这样，RAPD反应在最初反应周期中，由于短的随机单引物，低的退火温度，一方面保证了核苷酸引物与模板的稳定配对，另一方面因引物中碱基的随机排列而又允许适当的错配，从而扩大引物在基因组DNA中配对的随机性，提高了基因组DNA分析的效率。