按技术特性，分子标记可分为三大类。
第一类是以分子杂交为基础的DNA标记技术，主要有限制性片段长度多态性标记；
第二类是以聚合酶链式反应为基础的各种DNA指纹技术。
第三类是一些新型的分子标记，如单核苷酸多态性，由基因组核苷酸水平上的变异引起的DNA序列多态性，包括单碱基的转换、颠换以及单碱基的插入／缺失等。