指示菌的选择标准是：易于检出、检验方法比较简单、方便，有一定的代表性等。
通常以大肠菌群为指示菌，肠菌群作为食品卫生质量的指标的原因：
1、大肠菌群是人和动物肠道中的正常微生物区系，并且只存在于人和动物肠道中；
2、大肠菌群通常与动物肠道病原菌同时存在，只是数量不同；
3、动物肠道病原菌抵抗外界不良环境的能力较差，在体外环境中极易死亡，所以难以在食品中检出。
基于上述原因，通常采用大肠菌群来预测食品被粪便、肠道病原菌污染的可能性。